На сайте создают заказ, указывают в админке отгрузку и оплату https://yadi.sk/i/buZ0oURe3Sdnie После того как заказ прилетает в 1с его редактируют, указывают договора, могут добавить позицию по желанию заказчика и т.п. Так как заказ в 1с изменился он улетает обратно на сайт и там затираются оплаты и отгрузки Причем в настройках 1с не стоят галочки выгружать оплаты и отгрузки.
Почему так происходит что битрикс все равно их перезатирает?
Так и должно быть по мнению разработчиков модуля, чтобы не исчезали надо загружать в 1С реализации и платежные документы и потом их править в 1С.
Можно полностью отключить выгрузку заказов на сайт, тогда не будет ничего затираться, поставив в обмене документов фильтр, чтобы ни один новый заказ не попадал в выгрузку, тогда затираться не будут, но заказ нужно править самостоятельно и в 1С и в БУС. Но зато можно не грузить реализации и оплаты в 1С.