При выгрузке не проверяются уникальность символьных кодов для разделов , если названия разделов одинаковые то и создаются одинаковые символьные коды (это очень плохо) , если в настройках инфоблока отметить галочку с названием: Если код задан, то проверять на уникальность, то выгружается не весь каталог