Прогерам под битрикс без разницы, пока 1с следует стандарту обмена. Прогерам под 1с без разницы, пока ставят ТЗ и платят. Юзерам без разницы, пока не надо переучиваться на новый интерфейс.
Идеологически конечно все должно быть последним или почти последним (самые последние версии могут содержать баги). Но внедрение в реальном бизнесе самых новых версий может быть затратно, если вообще реально сделать качественно, в вашем городе может не быть 1с специалистов компетентных для наладки работы и сопровождения последних версий. В Украине например значительная доля бизнеса все еще на седьмой 1ске, хотя грамотные спецы еще как есть. Крайне затратно переучивать бухов, они верищат и сопротивляются
По сути вам нужны модули выпускаемые разработчиками битрикса для 1с, для каждой версии конфигурации своя версия модуля, то есть все упирается в планы разрабов битрикса.
Думаю самое главное это что бы Вы наладили работу своих менеджеров и бухов, выгрузить товары и получить заказы с сайта это важно только для крупного бизнеса.
Мелкие магазины могут обновить цены вручную, то есть обмен придает комфорта и уменьшает время-затраты на больших объемах.
Заказы для мелких магазинов могут приходить на почту, обмен избавляет от набивки данных контрагента и состава заказа, что тоже дает выигрыш на больших объемах.
Итого, лучше 11, но не критично, в довольно дальней перспективе по любому понадобиться обновляться. Если с нуля, я бы строил на 11. Но сейчас работаю только с 10, так как реорганизация бизнеса чрезвычайно затратна.
С точки зрения интеграции прокатит даже УТ 2.x У меня многие клиенты сидят еще на старой версии УТ на 10-11 переходить не хотят потому что там поменялась идеология. А по сути УТ10 отличается от УТ11 тем что последнюю можно использовать как "тонкий клиент" или "WEB-клиент" тоесть возможно организовать доступ к Базе через браузер с любого компа или планшета.