Столкнулся с похожей проблемой. Покупатель делал заказ, но в системе пришло 2 заказа с разницей в 2 секунды. Состав заказов разный, при этом в документ отгрузки одного заказа попала позиция из другого заказа, в итоге битрикс не давал менять статус заказа. Интеграции с 1С нет.