Добрый день!
Находил уже темы на форуме по данному вопросу, но они старые.
Может что-то изменилось.
В каталоге на сайте у всего товара установлено соответствие внешнего кода с кодом в 1С.
Дерево в 1С и на сайте различается.
Необходимо, без использования в 1С дерева групп, при загрузке каталога из 1С не создавать новые группы.
Только делать изменения (цены, остатки) в товарах.
Если в загрузке есть новый товар, то на сайте его не создавать.