Сталкивался с подобной проблемой: у меня дубляж происходил при выводе перечня свойств.
Пример: наименование - Брошюрка цвета: - красный - синий - зеленый
Данный товар дублируется 3 раза, на каждый цвет. Вам надо проверить не запрашивается ли свойство перечисления в параметре $select для CIBlockElement::GetList.