Мы нашли решение! В "Управление сайтом. Малый бизнес." разрешено иметь только 1 тип цен и если id c цены на сайте и в 1С не совпадает при выгрузке возникает ошибка превышение типа цен, а так как в 1С в импорте тип цен и разделы находятся в одном файле то выгрузка именно этого файла не происходит и разделы и не выгружаются! а все остальные товары да - проблема решается указанием в типе цены на сайте внешнего кода id выгружаемого типа цены из 1С