Попробуй глянуть какое значение используется для полей "Что делать с элементами, отсутствующими в файле импорта:" и "Что делать с разделами, отсутствующими в файле импорта:" скорее всего стоит "Удалять". Посмотреть нужно в настройках модуля обмена (в админке битрикс) в закладке Интеграция с 1С