Как раз столкнулись с этой проблемой.
У нас товары парсятся в 1С из Яндекс маркета. Создается вид номенклатуры, а к нему наборы свойств.
Так вот те, кто писал модуль обмена с 1С Битрикс вообще это не учитывали.
Свойства тупо грузятся одним скопом и всё. При чем в 1С в скобках указывается к какому виду номенклатуры относится свойство, а вот когда оно попадает уже в 1С Битрикс, то понять к чему оно относится невозможно. В итоге мы загрузили 1500 свойств в 1С Битрикс в корень и даже не можем нормально их отсортировать по группам. Такие свойства как размер так их вообще 20 шт одинаковых потому как размер, например, холодильника и размер фена - это разные наборы значений свойств.
Думали сначала грузить по одному виду номенклатуры за раз, затем расставлять в 1С Битрикс свойства по группам и так далее по одной. Но в модуле обмена нельзя фильтровать свойства - они либо вообще не грузятся, либо грузятся все вместе.