Разобрался сам. Может быть кому-нибудь поможет, т.к. решение простое, но сразу не сообразил.
В модуле обмена на вкладке "Выгрузка товаров" есть пункт "Настроить дерево групп".
В дереве групп я импортировал структуру справочника номенклатуры, а далее, пользуясь двумя частями окна, перетаскивал вид номенклатуры справа в соответствующий раздел, подготовленный для сайта (слева).
После этого все товары попали куда нужно.
Все просто оказалось, дело было в невнимательности
В модуле обмена на вкладке "Выгрузка товаров" есть пункт "Настроить дерево групп".
В дереве групп я импортировал структуру справочника номенклатуры, а далее, пользуясь двумя частями окна, перетаскивал вид номенклатуры справа в соответствующий раздел, подготовленный для сайта (слева).
После этого все товары попали куда нужно.
Все просто оказалось, дело было в невнимательности