Добрый день, проблема такого же характера. Выгружается из 1с ~15000 товаров. В итоге выдается ошибка 504. Шаманства с сервером пока не помогли, тайминги выполнения php скриптов увеличивали, проблема сохраняется.
504 ошибка выдается в момент когда временная таблица уже сформирована и начинается запись в реальные таблицы.
С таймингами мог ошибиться, в данном случае, какие настройки должны отвечать за ожидание выполнение запроса к таблице? только
max_execution_time?
В общей сложности слияние таблиц идет около 3х минут.
Или тут надо обращаться к программистам по битриксу, чтобы переписывали этот запрос?