При выгрузке номенклатуры есть такая настройка: "Интервал одного шага в секундах (0 - выполнять загрузку за один шаг)", она меня спасла от того что при выгрузке 3к продуктов Битрикс валил сервак где-то посредине. Вышибал Апач и сервер возвращал "502 Bad Gateway". Эта настройка меня спасла. Насколько я помню в заказах такое не предусмотрено. Может добавить в новом релизе?