В нашем случае проблема наблюдалась из-за различных данных в заказе и реализации. Было настроено заполнение соглашения алгоритмом, по какой-то причине в заказе оно заполнялось корректно, а в реализации не заполнялось, по этому происходило удаление и оплат и отгрузок. Когда установили фиксированное значение в настройках, проблема с удалением отгрузок и оплат ушла.