Условие НЕ ПараметрыОбмена.СпособИдентификацииКонтрагентов = "НеИспользовать" всегда истинно (независимо от настроек), т.к. в левой части при нужных настройках будет "Не использовать".
В узле обмена с сайтом есть ряд табличных частей, которые автоматически заполняются.
Нет возможности удалить помеченные на удаление объекты, которые уже попали в эти табличные части (например, свойства, номенклатуру). Полагаю, можно при открытии формы проверять эти тч на наличие помеченных и удалять их.