Вы абсолютно правы, вопрос безопасности несомненно актуален, вне зависимости от технологий.
Вот Вы предлагаете в качестве безопасной связки "Сайт->FTP->1C"... Но простите, для того, чтобы данные появились на FTP Вы же тоже будете использовать какое-либо средство для экспорта данных из 1с на ftp. И также можете нарушить безопасность...
Если использовать копию базы в качестве промежуточного хранилища, то задачу интеграции тем не менее придется решать каким-то образом.
Вот Вы предлагаете в качестве безопасной связки "Сайт->FTP->1C"... Но простите, для того, чтобы данные появились на FTP Вы же тоже будете использовать какое-либо средство для экспорта данных из 1с на ftp. И также можете нарушить безопасность...
Если использовать копию базы в качестве промежуточного хранилища, то задачу интеграции тем не менее придется решать каким-то образом.