Нужно установить на сайте внешний код для типа цены равный коду xmlid того типа цены в 1С, который должен быть выгружен.
Т.е.:
1. Выясняем какой код xmlid у того типа цен, который мы хотим выгрузить. Это можно определить либо из файла выгрузки - выгружаемся в файл и смотрим текстовым редактором какой код стоит в соответствующем узле xml (https://yadi.sk/i/dUZySr-mq9ij5). Или пишем обработку в которой делаем
Код
Сообщить(XMLСтрока(Справочники.ТипыЦен.НайтиПоКоду("%Код нужного типа цены%")));
Эта же проблема возникла при первичной настройке обмена с использованием модуля вер. 4.1.0.3. Сайт на Малый Бизнес. Модули предыдущих версий при этом создавали группы штатно. В журнале обнаружилась ругань на попытку создания второго типа цены. После установки базовому типу цены правильного XML_ID. Группы создались. Напрашивается вывод, что при импорте классификатора, если происходит затык в тип цены, дальнейший импорт метаданных не происходит.