Нашли в чем проблема. В "Магазин - Интеграция с 1С - Заказы" изменили "Интервал одного шага в секундах" с 0 на 30 и "Размер единовременно загружаемой части файла" на 204800. Все прекрасно работает.
Здравствуйте, Алексей. У нас возникает такая же проблема при обмене заказами как и у Вас. Вам удалось ее решить? Если да, то как? Решили ошибку с разницей во времени, но не помогло.