kot488, clients@kvadrats.ru здравствуйте, подскажите удалось решить проблему? У меня такая же возникла - в один день в битриксе перестали создаваться группы все товары валятся в корень, хотя до этого несколько лет все хорошо работало.
http://dev.1c-bitrix.ru/community/webdev/user/112238/