Решили задачу!
В Справочник.Организации добавили поле "КОД", в котором, для требуемых организаций указали значения приходящие из Битрикс.
Далее в настройках Интегратора, для поля "Организация" указали следующее:
Произвольный алгоритм
Переменная = [КлючиШапкиПортала].Получить("ufCrm13TemirOrg");
Организация = Справочники.Организации.НайтиПоРеквизиту("КОД", Переменная);
Если НЕ Организация.Пустая() Тогда
[Результат] = Организация;
Иначе
[Результат] = Неопределено;
КонецЕсли;
Для обратной замены (выгрузка изменений из 1С в Битрикс), на шаге настроек Интегратора, где задаются параметры, указали следующее:
[Результат] = [Объект1С].Организация.КОД;
В Справочник.Организации добавили поле "КОД", в котором, для требуемых организаций указали значения приходящие из Битрикс.
Далее в настройках Интегратора, для поля "Организация" указали следующее:
Произвольный алгоритм
Переменная = [КлючиШапкиПортала].Получить("ufCrm13TemirOrg");
Организация = Справочники.Организации.НайтиПоРеквизиту("КОД", Переменная);
Если НЕ Организация.Пустая() Тогда
[Результат] = Организация;
Иначе
[Результат] = Неопределено;
КонецЕсли;
Для обратной замены (выгрузка изменений из 1С в Битрикс), на шаге настроек Интегратора, где задаются параметры, указали следующее:
[Результат] = [Объект1С].Организация.КОД;



