Выгрузка дерева групп по видам номенклатуры???

Можно


http://prntscr.com/hyt0qm

Я не совсем понял, что значит "По видам номенклатуры". Это значит, что фильтровать по какому-либо виду номенклатуры? Про то, как будет выглядень настройка дерева групп - тоже непонятно. НО в любом случае - настройку дерева групп можно доработать и в результате можно сделать так - в основном справочнике есть две корневые группы - одна с реальными товарами и предназначена для работы менеджеров в 1С. Другая корневая группа - внутри иерархия групп для сайта. Вунтри этой иерархии будут не сами товары, а ссылки на товары. В этом случае можно будет сделать так, что прямо в 1С для каждого товара задавать в каких нескольких группах он присутствует. То есть, один товар может присутстовать в нескольких группах. Если интересно, то обращайтесь Links-Pro.ru

Елена Иванова, название будет как у вида номенклатуры.
Разве, что делать доработку со стороны 1с (добавить поле "Наименование для сайта") и при выгрузке в xml групп заменять наименование группы на название из добавленного поля

Елена Иванова,Если будете использовать произвольное дерево групп, то насколько мне известно, иные товары просто не будут выгружены. Это про новый товар.
Но это только в том случае, если в дерево групп вы перетаскивали отдельные товары, вместо папок номенклатуры. Если же дерево групп у вас содержит целые папки, то новые товары, которые создаются внутри этих папок, должны успешно после выгрузки появиться на сайте.

Если же обычную иерархию используете (справочника номенклатуры или видов номенклатуры), то проблем быть с новыми товарами не должно, за исключением случаев, когда они не попали под указанный отбор в настройках выгрузки.