Ответ на свой вопрос нагуглить я не смог. Путем анализа трафика с помощью Microsoft Network Monitor было выявлено, что все таки данные все приходят. По какой-то причине в HTTP показывалось, что xml обрезанный. Но TCP было видно что данные приходят полностью. И тут я вернулся к идеи, что проблема в кодировке, хотя файл приходил в windows-1251, и все утверждали, что проблема наблюдалась только на линуксе, который в utf-8 все кодирует, а у нас то виндос.
Проблема и ее решение оказались просты. И после ее решения я понял почему мои российские коллеги не сталкивались с этой проблемой.
Сервер Windows Server настраивал с зарубежный специалист, который не дружит с русским языком, и он поставил Windows на английском, и как я понял в ней отсутствует кириллическая кодировка windows-1251, при переключении на русский язык все заработало как часы.