не выгружаются данные из 1c

Далее версии модулей в 1с и битриксе подразумеваются последними(или недавними, но актуальными).

1) Попробуйте сделать выгрузку в каталог. Просмотрите файл на наличие явных проблем.

2) Если вышло то попробуйте вручную по фтп(или как удобно) выгрузить файлы и импортировать например через скрипт отладки
http://dev.1c-bitrix.ru/community/blogs/carter/2285.php

3) Если и тут все норм значит какие то проблемы с загрузкой на сайт файлов обмена, то есть дело в настройка вебсервера или пхп

Если не вышло 1 то проблемы в 1с, там не чего не скажу. Модуль не правильно поставлен или еще что то, я обращаюсь к 1сникам с такими ошибками.
Если не вышло 2 то файл не соответствует стандарту. Что собственно тоже намекает на ошибку в 1с.

PHP Fatal error: Call to a member function __toArray возникает например если файл обмена совсем пуст или как у меня было один раз выгружаются пустые теги, которые по стандарту должны были содержать еще теги, в моем случае это были какие то свойства, которые мне были не нужны, и собственно отключив их ошибка ушла.

Также перво наперво это вспомнить что поменялось и откатить  

Dios, спасибо!
Вроде бы импорт прошел успешно. Но, сначала проблема возникла из-за того что у меня также был файл обмена заказами в 1c_exchange, помимо тех что в 1c_catalog. Вообщем скрипт очень долго обрабытывал что-то (при этом написал что на Шаге 3 пройдено 31%), после этого он меня выкинул из системы (лимит 24 минуты бездействия, думаю можно это обойти, работая параллельно в панели управления). Но я решил удалить файл заказов (на время) и снова перезапустил импорт. В итоге он базу импортировал. Получается моя проблема в передаче файла.