Проверьте сайты, которые у вас в Битриксе(Настройки -> Настройки продукта -> Сайты -> Список сайтов). Если их 2 и больше, то в настройках интеграции 1С (Магазин -> Настройки -> Интеграция с 1С) установите значение "Привязывать вновь создаваемые инфоблоки к сайтам:" на тот сайт, куда вы хотите выгружать товары. Мне помогло. Все сразу выгрузилось.