Два дня войны с выгрузкой заказов, а причина проста оказалась у меня. Дело в том, что раньше работали с другой CMS. При отправке получалось, что Битрикс слал заказы с номерами которые уже есть в 1С. В интеграции с 1С указал префикс, пробежал по уже созданным заказам и просто пересохранил. 1С с радостью приняла заказы.